มูริโยเป็นลูกคนสุดท้องของพี่น้องทั้งหมด 14 คน พ่อของมูริโยเป็นช่างตัดผมและศัลยแพทย์ชื่อกัสปาร์ เอสเตบัน (Gaspar Esteban) และแม่ชื่อมาริอา เปเรซ (María Pérez Murillo) พ่อและแม่เสียชีวิตตั้งแต่มูริโยยังเด็ก มูริโยจึงโตขึ้นมากับพี่สาวชื่ออานา (Ana) ผู้แต่งงานกับฆวน อากุสติน เด ลากาเรส (Juan Agustín de Lagares) ผู้เป็นช่างตัดผมและศัลยแพทย์เช่นเดียวกับพ่อซึ่งมูริโยสนิทสนมด้วย มูริโยแต่งงานกับเบอาตริซ กาเบรรา (Beatriz Cabrera) เมื่อปี ค.ศ. 1648 และมีลูกด้วยกัน 9 คน